Wokół systemu finansowego i jego funkcji w początkującej firmie narosło wiele nieporozumień. Najczęstsze z nich to: przekonanie, że księgowość jest niezbędna wyłącznie do rozliczenia z fiskusem; właściciel powinien mieć firmę w głowie i nie potrzebuje podpierać się danymi z księgowości; finanse i księgowość to dla niefachowców czarna magia, bardzo trudna do opanowania dla nieekonomistów.

Tymczasem system finansowo-księgowy stanowi swoisty „kręgosłup” firmy i z tego względu decyzje z nim związane trzeba podejmować bardzo rozważnie. Taką decyzją będzie niewątpliwie wybór formy prowadzenia ksiąg rachunkowych: uproszczonej czy pełnej a także komu powierzyć prowadzenie ksiąg. Na pewny etapie warto rozważyć audyt sprawozdań finansowych firmy. Jeśli chodzi o funkcjonalność systemu finansowo-księgowego to w pierwszej kolejności powinien on zapewniać bieżącą kontrolę płynności a także możliwość prównawczej oceny rentowności operacyjnej działów, produktów czy rynków. Bardzo ważna jest też funkcja planistyczna a więc możliwość porównania wyników zaplanowanych i tych faktycznie zrealizowanych. W działalności gospodarczej dążymy do minimalizacji obciążeń podatkowych, co wiąże się także z kontaktami z urzędem skarbowym. Jeśli chodzi o opodatkowanie zysków trzeba uwzględnić różnicę między opodatkowaniem w ramach jednoosobowej działalności bądź spółek osobowych a opodatkowaniem w ramach spółek kapitałowych. Jeśli chodzi o opodatkowanie obrotu warto rozważyć różne opcje dotyczące VAT. Dla minimalizacji obciążeń podatkowych, najlepsze efekty uzyskamy wtedy gdy będziemy prowadzić planowanie podatkowe a więc analizować skutki określonych transakcji jeszcze przed ich podjęciem.